對應工作目標，本中心設課程發展組、教學教材教法組、學習評量組、師資培育組與推廣組等五個工作小組。中心主任暨計畫主持人負責統籌中心運作，中心委員暨計畫協同主持人負責研發課程與教材教法、探究學習評量議題及機制、發展師資培育課程、以及推廣中英雙語授課等工作；另設專任助理兩名及兼任助理數名，協助推動中心業務。本中心之組織架構如下：